Dans un paysage numérique en constante évolution, choisir le bon logiciel de comptabilité est devenu un enjeu stratégique pour les entreprises françaises. En 2025, l’offre s’est considérablement enrichie, proposant des solutions adaptées à tous les profils d’utilisateurs, des auto-entrepreneurs aux PME structurées. Ce comparatif vous guide à travers les meilleures options disponibles sur le marché français, en mettant en lumière leurs forces et faiblesses.
Les critères pour choisir un logiciel de comptabilité en 2025
La sélection d’un logiciel de comptabilité adapté à vos besoins nécessite une analyse approfondie de plusieurs facteurs. Au-delà du simple prix, il convient d’examiner les fonctionnalités proposées, l’ergonomie de l’interface, et la compatibilité avec votre structure. Les solutions actuelles offrent une grande variété d’options, certaines gratuites, d’autres payantes, avec des écarts significatifs dans les services proposés. Un choix judicieux passe par une définition précise de vos attentes et une compréhension claire de votre organisation financière.
Les fonctionnalités à considérer avant de faire votre choix
En 2025, les logiciels comptables ont considérablement évolué pour répondre aux besoins croissants des entreprises. Parmi les fonctionnalités essentielles à évaluer figurent la capacité d’importation et d’exportation des données, la gestion des journaux comptables, le rapprochement bancaire automatisé, les modules de facturation intégrée et les outils d’analyse de trésorerie. Les solutions avancées proposent également l’automatisation de la saisie, un atout considérable pour gagner en productivité. L’éditeur memsoft s’est d’ailleurs illustré dans ce domaine en développant des fonctionnalités de génération automatique d’écritures particulièrement appréciées des utilisateurs.
La conformité aux normes fiscales françaises constitue un autre critère déterminant. Avec l’évolution constante de la législation, notamment concernant la facturation électronique, il est crucial de choisir un logiciel régulièrement mis à jour. Les solutions comme Sage, Cegid ou EBP garantissent cette conformité, mais des alternatives comme Oxygène de Memsoft offrent également cette sécurité juridique, avec un service d’e-facture intégré aux normes en vigueur.
Le rapport qualité-prix des solutions disponibles
Le coût d’un logiciel de comptabilité varie considérablement selon les fonctionnalités proposées. En 2025, les tarifs s’échelonnent de solutions gratuites à des offres dépassant 50€ par mois. Pennylane propose ses services à partir de 29€ mensuels, tandis que Sage commence à 29€, et EBP à 22€ par mois. Pour les indépendants, Indy offre une solution à partir de 20€ mensuels, avec même une version gratuite aux fonctionnalités limitées.
Toutefois, la gratuité n’est pas toujours synonyme d’économie sur le long terme. Les logiciels gratuits comme Wave ou Dolibarr présentent souvent des limitations importantes, notamment l’absence de fonctions avancées comme la synchronisation bancaire ou les déclarations fiscales automatisées. De plus, certaines solutions gratuites peuvent financer leur modèle économique par la revente de données personnelles, un aspect à considérer sérieusement dans votre choix.
Analyse des meilleurs logiciels de comptabilité sur le marché français
Le marché français des logiciels comptables en 2025 offre un large éventail de solutions. Des géants historiques comme Sage et Cegid aux nouveaux acteurs comme Pennylane ou Indy, chaque solution présente des avantages spécifiques selon le profil de l’entreprise. Les logiciels SaaS gagnent en popularité, permettant un accès à distance et des mises à jour automatiques, tandis que les solutions traditionnelles conservent leur place pour les structures ayant des besoins métiers spécifiques.
Memsoft Oxygène: avantages et caractéristiques du leader du marché
En 2025, Memsoft Oxygène s’est imposé comme une référence incontournable dans le domaine des logiciels de comptabilité en France. L’éditeur propose une gamme évolutive parfaitement adaptée aux TPE et PME, avec son produit phare Oxygène. Ce logiciel se distingue par sa version gratuite offrant les fonctionnalités essentielles de comptabilité et de gestion commerciale, tout en proposant des options d’évolution vers des versions plus complètes.
La force de Memsoft Oxygène réside dans sa capacité à offrir des solutions personnalisables selon les secteurs d’activité. Le logiciel garantit une conformité totale avec les normes comptables et fiscales françaises, un point crucial pour éviter tout problème lors des contrôles. Sa note de satisfaction exceptionnelle de 4,54/5, calculée sur 73 avis clients, témoigne de la qualité de ses services et de son interface. La société assure également des mises à jour régulières, comme l’atteste la version 11.04.36 sortie en mai 2025, intégrant les dernières réformes sur la paie et la normalisation des factures de services à la personne.
Les alternatives à Memsoft Oxygène et leurs points forts
Face à Memsoft Oxygène, plusieurs concurrents proposent des alternatives crédibles avec leurs spécificités propres. Sage, leader historique, offre des solutions robustes particulièrement adaptées aux PME bien structurées, avec un support client accessible via téléphone, e-mail et portail en ligne. Cependant, sa prise en main peut s’avérer complexe pour les néophytes. EBP Comptabilité se positionne comme une solution française modulable selon les secteurs d’activité, idéale pour les TPE et PME disposant d’un service comptable interne ou travaillant avec un cabinet externe.
Pour les indépendants et micro-entrepreneurs, des solutions comme Indy, Abby ou Henrri offrent des interfaces simplifiées centrées sur leurs besoins spécifiques. Indy, avec son approche 100% en ligne, séduit par son support client ultra-réactif accessible par chat ou e-mail. Dolibarr, ERP open source français, propose de nombreuses extensions au-delà de la simple comptabilité, intégrant CRM et gestion de stock, mais pèche par une interface parfois datée et une configuration initiale complexe.
Les solutions cloud gagnent du terrain, à l’image de Dext qui automatise la saisie comptable à partir de 30€ par mois, ou Sellsy qui combine comptabilité, facturation, CRM et gestion des ventes dans une plateforme française complète. Pour les structures internationales, Zoho Books et FreshBooks proposent des interfaces multilingues et des fonctionnalités adaptées au commerce international, avec des versions gratuites pour tester leurs services.
Top 8 Meilleurs logiciels de comptabilité 2025
- Memsoft Oxygène
- Tiime
- Pennylane
- Regate
- Indy
- Axonaut
- FreshBooks
- Sage
Memsoft Oxygène : performances et satisfaction client en 2025
Au-delà de ses qualités techniques, Memsoft Oxygène affiche des performances financières solides qui témoignent de sa bonne santé économique. La société ABMS Memsoft, créée en juin 1998 et implantée à Villeneuve-en-Retz (44580), enregistre en 2025 un chiffre d’affaires estimé à 1,34 million d’euros, en croissance de 10,2% par rapport à 2024. Avec un résultat net de 305 000 euros et une marge nette de 22,7%, l’éditeur démontre la viabilité de son modèle économique malgré son offre gratuite généreuse. Cette stabilité financière, associée à une équipe de 6 à 9 salariés, garantit la pérennité du support et des mises à jour logicielles.
La satisfaction client constitue un autre point fort de Memsoft Oxygène. Avec une note globale de 4,60/5 basée sur 68 avis récents en 2025 (et 1135 avis cumulés depuis 2017), l’éditeur se distingue par son excellent rapport qualité-prix et la réactivité de son support technique. Les utilisateurs saluent particulièrement la richesse de la version gratuite et l’efficacité de l’assistance. Toutefois, certains professionnels mentionnent un temps d’apprentissage nécessaire pour maîtriser l’ensemble des paramètres, la complexité initiale étant compensée par la puissance des fonctionnalités offertes. Des interrogations subsistent également concernant la facturation des services annexes comme l’e-facture, bien que Memsoft Oxygène maintienne la possibilité d’envoi gratuit en format PDF. Ces retours constructifs permettent à l’éditeur d’améliorer continuellement son offre tout en conservant une base d’utilisateurs fidèles et satisfaits.
Tiime : la solution tout-en-un plébiscitée par les entrepreneurs
Tiime s’est imposé comme le logiciel de comptabilité et de facturation numéro un des entrepreneurs en France, avec une réputation exceptionnelle matérialisée par une note moyenne de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis et une mention impressionnante de 4,9/5 auprès de plus de 150 000 utilisateurs. Cette solution 100% Made in France, développée par des équipes basées à Paris et en Lorraine, cible particulièrement les auto-entrepreneurs, TPE, PME et professions libérales en proposant une approche tout-en-un simplifiée. Agréée pour la facturation électronique et conforme aux exigences de la réforme 2026, Tiime se distingue par son interface intuitive accessible sur web et mobile (iOS et Android), permettant de créer une facture en moins de deux minutes.
L’offre de Tiime se caractérise par sa complétude fonctionnelle, intégrant non seulement la facturation et la comptabilité, mais également des services innovants comme Tiime Business, un compte professionnel avec IBAN français et carte Mastercard, agréé par l’ACPR. La plateforme centralise la gestion des dépenses, le suivi de trésorerie avec indicateurs personnalisables, et propose une synchronisation bancaire automatique avec plus de 200 banques ainsi qu’un rapprochement bancaire automatisé via IA et OCR. L’interfaçage en temps réel avec les experts-comptables partenaires simplifie considérablement la pré-comptabilité. Côté tarification, Tiime propose une offre Free gratuite incluant la facturation complète, une offre Start à 17,99€ HT par mois (facturation annuelle), et une offre Business à 22,99€ HT mensuel intégrant le compte professionnel. Le service client, basé en France et réputé pour sa réactivité, complète un écosystème pensé pour accompagner l’entrepreneur à chaque étape de son développement.
Pennylane : la licorne française de la gestion financière collaborative
Pennylane incarne la nouvelle génération de solutions financières tout-en-un pour entreprises. Fondée en 2019, cette société française a connu une ascension fulgurante, atteignant le statut de licorne en février 2024 et rejoignant le prestigieux French Tech 120. Avec plus de 500 000 dirigeants, indépendants et directeurs financiers utilisateurs, Pennylane s’est positionnée comme un acteur majeur du marché en proposant une plateforme SaaS cloud unique réunissant finances, comptabilité, facturation et compte professionnel. Son engagement dans l’innovation se manifeste notamment par son statut de Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) immatriculée, soutenu par une levée de fonds de 75 millions d’euros en avril 2025 spécifiquement dédiée au financement de la réforme de la facturation électronique. Certifiée ISO 27001 pour la sécurité des données, la solution cible principalement les TPE, PME et ETI en quête d’une gestion centralisée et moderne.
Le véritable atout différenciant de Pennylane réside dans sa philosophie de collaboration native entre dirigeants et experts-comptables. La plateforme permet aux deux parties de travailler simultanément sur le même environnement, offrant une comptabilité alimentée en temps réel et une vision 360° de la trésorerie avec gestion du prévisionnel. Les fonctionnalités s’étendent bien au-delà de la simple comptabilité : gestion complète des dépenses avec workflows de validation, compte et cartes professionnelles (physiques et virtuelles) en partenariat avec Swan pour une réconciliation automatique, éditeur de facturation complet avec relances automatiques et liens de paiement, et module de spend management permettant le paiement en un clic. L’automatisation poussée des tâches répétitives (rapprochements bancaires, saisie, récupération de justificatifs) et les intégrations avec de nombreux outils métiers comme Qonto, Payfit ou Stripe font de Pennylane une solution particulièrement adaptée aux entreprises structurées recherchant efficacité opérationnelle et pilotage financier stratégique via des tableaux de bord personnalisés selon les rôles.
Regate by Qonto : l’écosystème collaboratif pour cabinets comptables et entreprises
Regate by Qonto s’est imposé comme un acteur incontournable de la pré-comptabilité automatisée en France, avec plus de 6 000 cabinets d’expertise comptable et 600 000 entreprises utilisatrices. Cette solution se distingue par son approche écosystémique visant à rapprocher les cabinets comptables de leurs clients au sein d’un environnement collaboratif unique. Noté 4,8/5 sur Trustpilot et G2, ainsi que 4,7/5 sur les stores mobiles, Regate propose une solution en marque blanche particulièrement adaptée aux experts-comptables cherchant à moderniser leur pratique. L’offre repose sur trois piliers majeurs : la pré-comptabilité automatisée avec récupération et dématérialisation des justificatifs via un OCR propriétaire performant affichant un indice de codage proche de 100%, la conformité à la facturation électronique grâce à Qonto PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire déjà pré-immatriculée), et un outil gratuit de création d’entreprise en marque blanche permettant la génération de statuts et le dépôt de capital en 20 minutes.
L’avantage compétitif de Regate réside dans sa capacité d’intégration sans migration requise, agissant comme une surcouche synchronisant automatiquement les écritures vers les principaux logiciels de production comptable du marché français : Sage Génération Experts, Cegid Quadra et Loop, My Unisoft, ACD et Agiris. Cette compatibilité étendue permet aux cabinets de conserver leurs outils historiques tout en bénéficiant des automatisations modernes. Le déversement automatique des écritures, la centralisation des justificatifs, des flux bancaires et des notes de frais génèrent des gains de productivité significatifs pour les cabinets, comme en témoignent les retours de clients tels qu’ECACY, Audit Synthèse ou le Groupe DRB. Les entreprises clientes peuvent également bénéficier de Qonto Facturation pour optimiser leur gestion financière en collaboration avec leur cabinet. Régulé par l’ACPR en tant qu’établissement de paiement et proposant un support client disponible 5 jours sur 7, Regate by Qonto s’affirme comme une alternative crédible face à Pennylane, Tiime, Dext ou MEG, particulièrement pour les cabinets souhaitant proposer une expérience intégrée à leurs clients.
Indy : l’allié comptable des travailleurs indépendants
Indy s’est affirmé comme la solution de référence pour les travailleurs indépendants en France, avec plus de 200 000 utilisateurs conquis par son approche simplifiée et automatisée. Fondée en 2016 à Lyon sous le nom de Georges.tech, cette société française a développé un logiciel spécifiquement conçu pour les micro-entreprises, entreprises individuelles en BIC/BNC, SAS, SASU, EURL, SARL et SCI. Avec des notes exceptionnelles de 4,8/5 sur Trustpilot (plus de 9 000 avis) et sur le Play Store, ainsi que 4,9/5 sur l’App Store, Indy se distingue par sa réactivité : le support technique répond en moins de 4 minutes. En 2025, la société a également remporté un procès en appel contre l’Ordre des experts-comptables Auvergne-Rhône-Alpes, consolidant sa légitimité sur le marché. Indy propose une offre Essentiel entièrement gratuite incluant le logiciel, un compte professionnel avec carte Mastercard et virements illimités, ainsi qu’un module de facturation complet, bien que cette version ne prenne pas en charge les déclarations fiscales.
La force d’Indy réside dans son automatisation intelligente alimentée par l’IA : synchronisation automatique des transactions bancaires, détection de la TVA, classement automatique des écritures et des reçus en un clic. Le logiciel offre également un système d’alertes pour les échéances importantes (TVA, CFE, clôture fiscale) et un accompagnement gratuit pour la création d’entreprise. Les offres payantes restent particulièrement accessibles, avec l’offre Plus à 9€ HT par mois (108€ annuels) et l’offre Premium à 12€ HT mensuels (144€ annuels), cette dernière incluant l’automatisation et la télétransmission des déclarations fiscales ainsi qu’un support prioritaire. Des tarifs spécifiques s’appliquent selon le statut juridique, et la société propose actuellement une promotion de 50% pour les 500 premiers clients LMNP. Bien qu’Indy constitue un outil automatisé performant, il convient de noter qu’il ne remplace pas un expert-comptable pour les conseils stratégiques et l’optimisation fiscale approfondie, l’entrepreneur demeurant responsable des données transmises lors des déclarations.
Axonaut : la plateforme tout-en-un pour TPE et PME en croissance
Axonaut se distingue comme une solution SaaS complète conçue par des entrepreneurs pour des entrepreneurs, réunissant sur une seule plateforme l’ensemble des outils de gestion nécessaires aux TPE et PME de moins de 10 à 25 salariés. Labellisée French Tech et adoptée par plus de 189 000 utilisateurs, cette solution 100% française héberge ses données sur des serveurs localisés en France, garantissant souveraineté et sécurité. Axonaut s’adresse particulièrement aux entreprises de prestation de service, aux acteurs du digital et au commerce/e-commerce travaillant en équipe. La plateforme se démarque par son approche intégrée unique : là où la plupart des concurrents segmentent leurs offres en modules payants séparés, Axonaut propose un tarif tout compris donnant accès à l’intégralité de ses fonctionnalités. Les utilisateurs économisent en moyenne 2 heures par semaine sur leur gestion et encaissent leurs factures 3 fois plus rapidement, avec un taux de satisfaction remarquable puisque 8 utilisateurs sur 10 recommandent la solution.
L’étendue fonctionnelle d’Axonaut en fait bien plus qu’un simple logiciel de comptabilité. Au-delà de la pré-comptabilité automatisée avec rapprochement bancaire et exports personnalisés (accès gratuit pour l’expert-comptable), la plateforme intègre une facturation complète avec signature électronique, paiement en ligne et relances automatiques (60% des factures en retard réglées après relance), un pilotage de trésorerie en temps réel avec prévisionnel scénarisé et module d’avance de trésorerie (paiement clients sous 48h), ainsi qu’une gestion des dépenses avec IA et notes de frais mobiles. Son véritable atout différenciant réside dans ses modules rarement proposés par la concurrence : un CRM complet pour la prospection et le suivi commercial avec emailing/SMS, des fonctionnalités RH incluant l’édition de bulletins de paie conformes et la gestion des congés, et des outils de gestion de projet collaborative avec pointage de temps et accès client. Immatriculé pour la facturation électronique et connecté à plus de 14 000 outils (Gmail, Shopify, Stripe, Urssaf), Axonaut propose une tarification à partir de 55,99€ HT par mois avec engagement annuel (34,99€ avec engagement 3 ans) pour un utilisateur, avec un essai gratuit de 15 jours. Si la solution manque de profondeur analytique pour les grandes structures et ne permet pas l’enregistrement direct d’écritures comptables, elle constitue un choix idéal pour les PME recherchant un outil centralisé et évolutif.
FreshBooks : la solution nord-américaine adaptée aux freelances et PME
FreshBooks représente une alternative internationale majeure sur le marché français des logiciels de comptabilité, avec une valorisation dépassant le milliard de dollars et un financement cumulé de plus de 130 millions de dollars. Cette solution SaaS canadienne, opérant en Amérique du Nord et en Europe, cible spécifiquement les PME, freelances et solopreneurs des secteurs du marketing, des services juridiques, du consulting, des services à domicile et des TI. Recommandée par PCMag.com avec une note de 4,5/5 (basée sur 4 492 avis sur SoftwareAdvice) et bénéficiant d’un taux d’approbation de 4,8/5 auprès de plus de 120 000 utilisateurs, FreshBooks promet des gains de productivité significatifs : jusqu’à 553 heures économisées par an et 7 000 dollars récupérés en heures facturables. Accessible à partir de 10,80€ par mois avec une promotion actuelle de 50% pendant 6 mois et un essai gratuit disponible, la plateforme se positionne comme une solution compétitive sans offre gratuite permanente.
Les fonctionnalités de FreshBooks couvrent l’ensemble des besoins comptables des petites structures avec une orientation forte sur l’efficacité d’encaissement. La facturation professionnelle personnalisable intègre le calcul automatique des taxes, les paiements en ligne multiples (ACH, carte de crédit) et des rappels automatisés permettant d’être payé deux fois plus vite. Le suivi des dépenses s’effectue via scan mobile des reçus, importation bancaire et catégorisation automatique, tandis que la comptabilité en partie double s’accompagne de rapports financiers puissants et d’un accès facilité pour les experts-comptables. Les modules de gestion du temps, de suivi kilométrique, de paie et de propositions commerciales complètent une offre connectée à plus de 100 applications (PayPal, Mailchimp, Zapier, Gusto, Square) via une API gratuite. Toutefois, certaines limites doivent être considérées : le coût d’ajout d’utilisateurs peut devenir problématique lors de la croissance, des utilisateurs ont signalé des blocages de compte inexpliqués avec un support client parfois décevant, et le retrait de l’intégration QuickBooks a contraint certains clients historiques à migrer vers d’autres solutions. FreshBooks reste néanmoins une option solide pour les indépendants et petites entreprises recherchant une interface internationale éprouvée et un écosystème d’intégrations étendu.
Sage : le leader historique aux solutions évolutives pour toutes tailles d’entreprises
Sage s’impose comme une référence incontournable du marché français de la comptabilité, forte de plus de 40 ans d’expertise et de la confiance de plus de 2 millions d’entreprises à travers le monde. Ce géant propose un portefeuille de solutions couvrant l’intégralité du spectre entrepreneurial, des artisans aux groupes internationaux, en passant par les TPE, PME, ETI et cabinets d’experts-comptables. Tous les logiciels Sage sont conformes à la facturation électronique et intègrent la Plateforme Agréée Sage sans surcoût (dans la limite d’un nombre maximum de factures par produit), garantissant également la conformité FEC, la télé-déclaration de TVA et le respect du RGPD. L’entreprise a récemment intégré Sage AI, une intelligence artificielle offrant une vision dynamique et des informations stratégiques pour guider les décisions. Avec une assistance disponible 24h/24 et 7j/7, Sage a également pris en compte la réforme comptable ANC entrée en vigueur le 1er janvier 2025, modernisant ses états financiers en conséquence.
La gamme Sage se caractérise par son évolutivité et sa diversité tarifaire, passant progressivement d’un modèle DEL/DUA traditionnel à un modèle d’abonnement DSU (Droit de Souscription à l’Usage). Pour les petites structures, Sage Active avec IA démarre à partir de 12,50€ par mois (offre flash avec 50% de réduction les 3 premiers mois) et Sage 50 à partir de 18€ HT mensuel pour la gestion de devis, factures, stocks et trésorerie. Sage Business Cloud Comptabilité propose une formule Start à 9€ par mois et une version complète à 25€ mensuel offrant une vision 360°. Les PME trouveront dans Sage 100 Comptabilité une solution évolutive et personnalisable disponible en versions Essentials (936€ annuels), Standard (1 491€) et Premium (2 223€), cette dernière supportant un nombre illimité d’utilisateurs et un moteur SQL standard, le tout disponible en mode cloud. Pour les ETI et grands comptes, Sage FRP 1000 Comptabilité (10 000€ par licence) et Sage X3, un ERP complet intégrant comptabilité, finances, production et supply chain, répondent aux besoins de gestion financière complexe multi-sociétés. Sage complète son écosystème avec Sage Intacct pour les analyses en temps réel et Sage for Accountants, une suite dédiée aux cabinets d’expertise comptable facilitant la collaboration via Sage Active. Cette richesse fonctionnelle s’accompagne de trois niveaux d’assistance (Classic, A&T et Serenity), permettant à chaque entreprise de choisir le niveau d’accompagnement adapté à ses besoins.ins de paie conformes et la gestion des congés, et des outils de gestion de projet collaborative avec pointage de temps et accès client. Immatriculé pour la facturation électronique et connecté à plus de 14 000 outils (Gmail, Shopify, Stripe, Urssaf), Axonaut propose une tarification à partir de 55,99€ HT par mois avec engagement annuel (34,99€ avec engagement 3 ans) pour un utilisateur, avec un essai gratuit de 15 jours. Si la solution manque de profondeur analytique pour les grandes structures et ne permet pas l’enregistrement direct d’écritures comptables, elle constitue un choix idéal pour les PME recherchant un outil centralisé et évolutif.